สําหรับอุตสาหกรรมที่มีความรู้สึกต่อจุลินทรีย์ เช่น อุตสาหกรรมอาหาร, ยา, และชีวเทคโนโลยี ความจํากัดของจุลินทรีย์ในห้องสะอาดมีความสําคัญอย่างยิ่ง Tools such as airborne microorganism samplers and settle plate for microorganisms can be used to collect and analyze the number of airborne microorganisms and settleable microorganisms in the air of the workshopตัวอย่างเช่น ในพื้นที่ที่สะอาดระดับ A ของโรงงานผลิตยา จํานวนจุลินทรีย์ที่อยู่ในอากาศไม่ควรเกิน 1 ต่อเมตร立方และจํานวนของจุลินทรีย์ที่ลงตัวไม่ควรเกิน 1 ตัวต่อจาน. The determination results of microorganism content can reflect the degree of sterility in the workshop and are the key basis for measuring the purification effect in terms of microorganism prevention and control.
การควบคุมความดันความแตกต่างระหว่างพื้นที่ต่าง ๆ ของห้องสะอาดมีความสําคัญในการป้องกันการแพร่ระบาดของสารพิษความดันความแตกต่างที่เป็นบวกหรือลบบางอย่างควรถูกรักษาระหว่างพื้นที่ติดกันตัวอย่างเช่น a positive differential pressure of 10 - 15 pascals is generally maintained between the clean area and the non-clean area to prevent the air from the non-clean area from flowing back into the clean areaโดยการวัดความดันความแตกต่างระหว่างพื้นที่ต่าง ๆ อย่างเป็นประจําด้วยเครื่องวัดความดันความแตกต่างและการรับประกันว่าความดันความแตกต่างคงที่ภายในความต้องการการออกแบบนี่คือการแสดงออกที่สําคัญของผลลัพธ์การทําความสะอาด ในแง่ของการแยกพื้นที่.